Преподавание в Лицее ведётся по государственным общеобразовательным программам и программам углубленного изучения ряда предметов.
Лицейские классы (особенности образовательной программы).
В 5–11 классах Лицея ведётся углублённое изучение математики и физики.
С 2001-2002 учебного года в 5-6-х классах изучение математики ведется по программе Л.Г Петерсон. Углубление в данных классах идет за счет введения курсов «Решение нестандартных задач» и «Наглядная геометрия» по программам, составленным группой учителей математики и рекомендованным экспертами МБОУ ДПО МЦ к использованию в образовательном процессе (экспертные заключения №125, 2015г. и №123, 2015г.).
В 7-9 классах преподавание алгебры ведется по программам углубленного изучения предмета (экспертное заключение МБОУ ДПО МЦ № 162, 2019г.). Углубленное изучение геометрии в 7-9 классах предполагает наполнение курса разнообразными, интересными и сложными задачами, что позволяет вооружать учащихся знаниями основного программного материала на более высоком уровне. Все это явилось предпосылкой к тому, чтобы разработать программу по геометрии в 7-9 классах (экспертное заключение МБОУ ДПО МЦ № 142, 2017г.).
Углубленное изучение математики в 10-11 классах опирается на наличие у учащихся более или менее устойчивого интереса к математике и намерение выбрать после окончания Лицея связанную с ней профессию. Обучение призвано обеспечить выпускникам качественную подготовку к поступлению в ВУЗ и к продолжению образования, а также к профессиональной деятельности, требующей высокой математической культуры. Исходя из условий, подбора контингента учащихся группа учителей математики Лицея разработала программу курса «Алгебра и начала анализа» в 10-11 классах и получила экспертное заключение МБОУ ДПО МЦ № 122, 2015г. Преподавание геометрии ведется по программам углубленного изучения предмета.
Физика в 7–9 классах преподаётся по программе, разработанной учителями физики. Данная программа получила экспертное заключение МБОУ ДПО МЦ № 144, 2017г.
Основная образовательная программа основного общего образования МБОУ Лицея №3 Открыть
Основная образовательная программа среднего общего образования МБОУ Лицея №3 Открыть